Al km 8.800 di via di Boccea, in corrispondenza del pianoro su cui sorgono i casali di Santa Rufina, la tradizione colloca il luogo del martirio delle due sorelle Rufina e Seconda. L’episodio avrebbe dato origine al toponimo Silva Candida: secondo il racconto agiografico, il sangue “candido” versato dalle martiri avrebbe trasformato l’antica Silva Nigra nella “foresta candida”. Per volontà di papa Giulio I (341–355) sarebbe stata edificata qui una basilica in loro onore, destinata a divenire il centro della diocesi di Silva Candida.
La prima menzione documentaria della chiesa risale al pontificato di Adriano I (772–795), nell’ambito della sede vescovile di Silva Candida, attestata già nel VI secolo con i vescovi Adeodatus (501) e Valentinus (564). Adriano I promosse la ricostruzione e l’ampliamento della basilica e riorganizzò il territorio fondando due domuscultae denominate Galeria, istituendo una vasta azienda agricola papale per la gestione diretta delle risorse rurali a sostegno della città di Roma.
Tra IX e X secolo attorno alla basilica si sviluppò un insediamento fortificato, più volte colpito dalle incursioni saracene e restaurato dai pontefici, tra cui Leone IV (847–855), cui si deve anche una chiesa dedicata ai Santi Cosma e Damiano, e Sergio III (904–911), che ampliò i beni della diocesi. Nell’XI secolo papa Giovanni XIX tentò di ripopolare l’area, dotandola di mura e fossato.
Negli anni Sessanta del Novecento Quilici descrisse il casale come una struttura fortificata di origine altomedievale con annessa chiesa, ricordando il rinvenimento, nel 1957, di statue, ambienti mosaicati e catacombe.
Un contributo importante alla localizzazione della basilica proviene dagli scavi del 1965: in un’area già occupata da un mausoleo tardo romano fu individuato un grande ambiente rettangolare con pavimento a mosaico geometrico, realizzato con grandi tessere colorate e piccole tessere bianche e nere, interpretato come possibile resto del santuario paleocristiano delle Sante Rufina e Seconda e datato all’VIII-IX secolo d.C. In seguito a una frana fu inoltre scoperto un tratto di galleria catacombale scavata nel tufo, lunga circa 6 m, con loculi sovrapposti; le lucerne rinvenute sono databili tra IV e V secolo d.C.
Più recentemente, Pamela Giannini ha messo in evidenza, sulla base dei rilievi aerofotogrammetrici eseguiti tra la Seconda guerra mondiale e gli anni Sessanta-Settanta, la presenza in negativo di due strutture rettangolari orientate NO-SE, interpretabili come resti del borgo di Silva Candida.